软件所已和世界上40多个国家与地区建立密切的学术联系及多种形式的技术合作关系，平均每年邀请和接待国外学术界、企业界人士数百人次。图灵奖获得者Amir Pnueli、Tony Hoare、姚期智等国际著名科学家都曾到软件所访问讲学。

软件所与国际学术团体合作，主办了多种重要国际学术会议。如，面向对象语言与系统技术国际会议、国际信息与通信安全国际会议、首届亚太区万维网技术与应用国际会议、亚洲逻辑和软件工程国际会议、亚洲逻辑会议、APCHI亚太人机界面会议等，为增加国际间学术交流、人才培养、提高研究水平做出了贡献。

随着国际经济一体化进程的迅速发展与软件所整体水平的国际认可，软件所与一些国际著名大学、研究机构和公司建立了合作关系。